wwwあり・なしの両方でHTTPS通信を行う場合は、
「wwwあり用」と「wwwなし用」の証明書をそれぞれ発行する必要があります。
ただし、
料金はどちらか一方の証明書分のみとなり、
2つの証明書を発行しても追加費用は発生しません。
ACMEプロトコルを利用することで、
これら2つの証明書も自動で更新・管理することが可能です。
FujiSSLが「別証明書」を前提にしている理由
SAN証明書の場合、どれか1つのドメイン認証に失敗
→ 証明書全体が更新失敗
という構造になります。
wwwあり・なしを別証明書にしておけば、
・www.example.com の認証失敗
・example.com 側は影響なし
という形で、影響範囲を分離、またトラブルシュートが容易というメリットがあります。