ワイルドカード証明書のカバー範囲は、標準（手動）とACMEで異なります。

標準（手動）ワイルドカード

ご契約のドメイン（例：*.example.com）で、親ドメイン（example.com）も自動的にカバーされます。配下のサブドメイン（www.／blog.／api. など）は数の上限なく1枚で対応し、新しいサブドメインを追加する際の再発行手続きも不要です。

ACMEワイルドカード

ACMEでは、*.example.com と example.com は別々の対象（identifier）として扱われるため、ワイルドカードに親ドメインは自動的には含まれません。これはACMEの仕組みに共通の挙動です。親ドメインも保護する場合は、ACMEクライアント側で example.com を別の対象として追加指定し（親ドメイン用のDNS-01認証も別途必要）、1枚の証明書にまとめて発行できます。

なお、当サービスのACMEはFQDN（ドメイン）単位のご契約のため、親ドメインを追加する場合はその分の契約が別途必要です。申込画面の「※ワイルドカード（例: *.example.com）のご契約にベースドメイン（example.com）は含まれません。別途ご契約が必要です。」は、この意味のご案内です（ドメイン自体の購入という意味ではありません）。