ワイルドカード証明書もACMEで自動更新が可能です。

一般に、ワイルドカード(例:*.example.com)は DNS-01(DNS認証)を用いて発行・更新する運用が基本になります。

 実運用では、DNS事業者のAPI連携可否権限設計(誰がトークンを持つか)がポイントになります。