ドメイン審査の認証メールが2通届いた場合でも、誤りではありません。2通とも承認作業を行ってください。これは、www有り・www無しの両方に対応した証明書をお届けするための、正常な動作です。

なぜ2通届くのか

FujiSSLでは、「www.」から始まるコモンネーム（例：www.example.com）で申請した場合、1枚の証明書で、www無しのドメイン（example.com）へのアクセスにも利用できるようにしています。

この場合、「www付き」と「www無し」は別々のドメイン名として扱われるため、それぞれについてドメイン使用権の確認が必要になります。そのため、認証メールが2通送信されます。

対処

届いた2通のメールについて、それぞれ承認操作を行ってください。両方の承認が完了すると、www有り・www無しの両方に対応した証明書が発行されます。片方だけだと、発行が完了しない、または片方のドメインで警告が出る原因になります。